潔凈手術室的環境空氣質量主要是指空氣的消毒除菌除塵。下面列舉的多種方法消毒除菌效率，只有少數幾個方法能實施從頭到尾的手術全過程的空氣消毒除菌控制，而尤以過濾手段和氣流技術為核心的凈化空調系統，不僅能實現過程控制還能既除菌又除塵，沒有副作用，并且不是在室內殺死細菌留下污染，而是將塵、菌拒之室外，保持室內真正“凈化”。
1、單區靜電：高壓電場形成電暈，產生自由電子和離子，因碰撞和吸附到塵菌上使其帶電，在集塵極上沉積下來被除去。對較大顆粒和纖維效果差，會引起放電。優點是能清除塵菌而阻力小，缺點是清洗麻煩、費時、必須有前置過濾器，可能產生臭氧和氮氧化物，可形成二次污染。消毒效率為50%。
2、負離子：在電場、紫外、射線和水的撞擊等使空氣電離而產生，可吸附塵粒等變成負離子而沉降，缺點是均二次掃塵，在空調系統中用處不大。消毒效率為73.4%。
3、納米光催化：在日光、紫外照射下，催化活性物質表面氧化分解揮發性有機蒸氣或細菌，轉化為CO2和水，要求被消毒空氣必須與催化物質充分接觸，要一定時間，隨表面附塵效果大減，一定要有前置過濾器。紫外照射還產生臭氧。實驗中甚至出現負值。消毒效率為75%。
4、紫外照：應用于空調系統由于空氣流速高，霉菌、細菌受照劑量小，效果差，只能除菌不除塵，有臭氧發生。WHO、歐盟GMP都宣布為通常不被接受的方法，更不能作最終滅菌。消毒效率為82.9%。
5、電子滅菌燈：物理方法。消毒效率為85%。
6、雙區靜電：電離極和集塵極分開。消毒效率為90%。
7、臭氧：淡藍色氣體，較強氧化作用，其分解產生的氧原子可以氧化、穿透細菌細胞壁而殺死細菌。廣譜殺菌但不能除塵，室內必須無人，損壞多種物品，對表面微生物作用小。對人的呼吸道有危害，不允許在送風系統中使用。消毒效率為91.82%。
8、超低阻高中效過濾器：物理阻隔方法，常規風口上使用阻力僅10Pa上下，是粗效的1/3，但效率達高中效（對≥0.5um微粒效率達70%～80%以上），重量輕，安裝方便。消毒效率為92%～98%。
9、高效過濾器：物理阻隔，一次性，衛生部消毒規范指出凈化室空氣滅菌只用空氣凈化過濾方式。玻纖高效過濾器阻力較大，PTFE高效過濾器阻力較低。消毒效率為99.999%～99.99999%。
上述除過濾和靜電的方法是指一次通過的效率，余為循環效率。
檢驗只是起點控制或終點控制，而不是過程控制。
上面大部分方法只能除菌不能除塵，而且沒有任何一種方法的除塵效果能與過濾器相比。高中效過濾器的除塵效率在70%以上（對≥0.5un顆粒），而其對大氣菌除菌的一次通過效率達到92%～98%。紫外線雖然對某些細菌與病毒效率可以達99%，但對大氣雜菌就沒有這么高。而且室內如通入新風，則要在室內循環較長時間以后才有效果。
