反滲透純凈水設備是否能夠長期的穩定運行，主要取決于正常的操作與維護。包括初凝水設備的試車、開始運行與平時操作管理。當然還要包括選擇合格的預處理系統。
(1)反滲透設備的前期運行
①在開機前，觀察水箱水位是否正常，原水中的壓力是否正常，總電源是否接通。
②必須檢查所有的閥門，保證閥門屬于正常的狀態。將RO純凈水設備上一級進水調節閥、濃水調節閥打開。二級進水調節閥、濃水調節閥打開，一級產水管路無節流裝置。二級產水排放或接入純水箱。
純凈水設備
③在打開保安過濾器前進水閥，將預處理水壓入反滲透設備中，再打開保安過濾器排氣閥，排盡保安過濾器內空氣。打開高壓泵排氣閥，排盡高壓泵內空氣。將預處理水導入膜內，排盡反滲透膜內空氣。
④繼續通入預處理水，浸泡反滲透膜，并低壓沖洗反滲透膜內保護液，低壓沖洗可進行30-60分鐘。
(2)反滲透純凈水設備啟動
執行操作：
①檢查所有閥門，以確定閥門處于正確狀態。將RO反滲透純凈水設備上一級進水調節閥處于適當開度、濃水調節閥處于適當開度。二級進水調節閥、濃水調節閥打開。二級產水排放或接入純水箱。
純凈水設備
②預處理(活性炭、樹脂)手動正反沖洗30分鐘(旋開急停開關，將系統設定在自動狀態下)，觀察預處理供水水質符合RO進水要求后，將兩臺自動控制閥旋至運行位置，進水電磁閥自動開啟，一級沖洗電磁閥開啟對一級RO膜低壓沖洗2分鐘后，一級沖洗電磁閥自動關閉，待進水壓力上升到設定置時系統自動啟動一級RO主機，開始運轉。此時可調節一級反滲透進水調節閥、濃水調節閥至一級操作參數達到設定值：
一級設備回收率：≤50-60%
操作壓力：0.9Mpa-1.5MPa(以回收率為準)
一級產水流量：2.5m3/H
運行設備，開機前應進行長時間的低壓沖洗。當RO設備調節完成，正常運行后，可以固定上述二閥門，亦可每次開機操作上述操作(除長時間的低壓沖洗)。
純凈水設備
③一級反滲透開始運行。新開機之二級設備應執行長時間的低壓沖洗：保持二級初始閥門位置。
注意：應保持一級產水壓力不超過設定的安全壓力(可執行比如部份排放、降低一級操作壓力等操作)。
④將二級進水調節閥、濃水調節閥打開之適當開度，一級產水由二級高壓泵升壓，進入二級。二級產水排放或接入純水箱。進水電磁閥自動開啟，二級沖洗電磁閥開啟對二級RO膜低壓沖洗2分鐘后，二級沖洗電磁閥自動關閉，待進水壓力上升到設定置時系統自動啟動二級RO主機，開始運轉。立即調節二級進水調節閥、濃水調節閥，至操作參數達到設定值(此時應進行一級、二級聯合調節)。
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