1、選擇合適的真空泵。真空離心濃縮儀濃縮干燥樣品的原理是通過制造真空環(huán)境來降低溶劑沸點、使得溶劑變得容易蒸發(fā)，所以，真空泵的選擇至關重要。選擇合適的真空泵對實驗效率、樣品活性等都是一個很大的影響。真空泵并不是越高級越好，選擇要針對實際的實驗情況，尤其是溶劑種類來選擇。不同的溶劑其沸點與凝固點不同，常壓下中低沸點溶劑（如乙醇）和高沸點溶劑如DMSO對泵的要求也不同。
2、真空控制功能。選擇好了真空泵并不意味著真空問題就解決了，還要確定是否需要調整抽氣速率、是否需要泵的關與開等，如果任由泵無限抽真空，會導致樣品結冰，反而降低濃縮效率；如果一味提高濃縮效率將真空值設得不夠高的話，又會對樣品活性造成影響，所以為了的濃縮效果和樣品的活性，真空控制功能是第二個要考慮的因素。
3、選擇合適的主機和轉子。根據(jù)樣品量大小、盛裝樣品的容器類型、對濃縮效率的期許和日后濃縮系統(tǒng)的拓寬和升級等諸多情況，綜合考慮蒸發(fā)面積的影響、溫度對蒸發(fā)效率的影響、合適的離心機轉子、是否需要聯(lián)用凍干機、是否需要測定樣品溫度等選擇的主機。
4、是否需要冷阱。冷阱有-55℃，-85℃和-110℃等多種溫度，主要選擇的依據(jù)是凝結什么類型的樣品。通常，水溶液選擇-55℃冷阱，有機溶劑選擇-85℃冷阱。同時，還需要根據(jù)您的樣品量大小、溶劑是否需要回收利用以及經(jīng)費預算等情況綜合考慮。
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