種子的呼吸是種子放置在種質資源庫貯藏期間生命活動的集中和具體表現，種子的呼吸強度和種子的安全貯藏有密切的聯系。呼吸作用對種子貯藏有兩方面的影響。有利方面是呼吸可以促進種子的后熟作用，但通過后熟的種子還是要設法降低種子的呼吸強度；利用呼吸自然缺氧，可以達到驅蟲的目的。不利方面是，在貯藏期間種子呼吸強度過高會引起許多問題：
1.旺盛的種子呼吸消耗了大量貯藏干物質。據計算，每放出1g二氧化碳必須消耗0.68g葡萄糖。貯藏物質的損耗會影響種子的重量和種子活力。
2.種子呼吸作用釋放出大量的熱量和水分。例如，每克葡萄糖氧化可產生0.5g水分，種子有氧呼吸釋放的能量的44％，微生物分解種子時釋放能量的80％轉變成熱能。種子堆是熱的不良導體，這些水分和熱量不能教發出去。使種子培濕度增大，種溫增高，濕度與熱量重新被種子吸收后，使得種子的呼吸強度提高。如此惡性循環最后造成種子發熱霉變，喪失生活力。
3.缺氧呼吸會產生有毒物質，積累后會毒害種胚，降低或使種子喪失生活力。
4.種子呼吸釋放的水汽和熱量，使倉蟲和微生物活動加強，加劇對種子的取食和危害。由于倉蟲、微生物生命活動的結果放出大量的熱能和水汽，又間接地促進下種子呼吸強度的增高。
因此，必須盡可能地在種子貯藏期間降低種子的呼吸強度，使種子處于極微弱的生命活動狀態中。在種子貯藏期間把種子的呼吸作用控制在限度，就能有效地保持種子生活力和活力。一切措施(包括收獲、脫粒、清選、干燥、倉房、種子品質、環境條件和管理制度等)都必須圍繞降低種子呼吸強度和減緩劣變進程來進行。
