紫外線殺菌器的結構形式：分為封閉式和敞開式。
敞開式系：在敞開式UV消毒器中被消毒的水在重力效果下流經UV消毒器并滅活水中的微生物。敞開式系統又可分為浸沒式和水面式兩種。
浸沒式又稱為水中照射法。將外加同心圓石英套管的紫外燈置入水中，水從石英套管的周圍流過，當燈管（組）需求替換時，運用提升設備將其舉高至工作面進行操作。該方法構造比較復雜，但紫外輻射能的利用率高效果好且易于修理。
水面式又稱為水面照射法，即將紫外燈置于水面之上，由平行電子管發生的平行紫外光對水體進行消毒。該方法較浸沒式簡略，但能量較大、滅菌效果差，實踐生產中很少應用。
封閉式系統：封閉式UV消毒器屬承壓型，用金屬筒體和帶石英套管的紫外線燈把被消毒的水封閉起來。
筒體常用不銹鋼或鋁合金制造，內壁多作拋光處理以進步對紫外線殺菌器的反射才能和增強輻射強度，還可依據處理水量的巨細調整紫外燈的數量。有的消毒器在筒體內壁加裝了螺旋形葉片以改動水流的運動狀態而避免呈現死水和管道阻塞，所發生的紊流以及葉片鋒利的邊際會打碎懸浮固體，使附著的微生物露出于紫外線的輻射中，進步了消毒功率。
封閉式也劃分為敞開式和浸沒式。敞開式消毒器適用于中、大水量處理，多用于污水處理廠。封閉式消毒器一般適用于中、小水量處理或有必要施加壓力且消毒器不能在明渠中運用的情況。
各種系統中外罩密封石英套管的紫外線殺菌器燈管都可以與水流方向筆直或平行安置。平行系統水力丟失小、水流形式均勻，而筆直系統則可以使水流紊動，進步消毒功率。
