安裝過程中，應注意控制箱、傳感器和傳動部件的保護，以防損壞。按照自清洗過濾器本體上箭頭指示的方向連接管道，使水流方向與本體上的箭頭一致。自清洗過濾器應安裝在需保護的用水設備前，并盡可能靠近用水設備。
在電力系統中，自清洗過濾器應安裝在水泵和用水設備之間，越靠近用水設備越好。當泵和用水設備前的壓力超過過濾器的上限壓力時，也可將自清洗過濾器安裝在泵前，并盡可能靠近泵。自動排水閥的連接方式分為法蘭和螺紋，排水管不宜過長或超過10米。
在安裝過程中，應考慮便于維護，應在自清洗過濾器前后安裝截止閥，并安裝旁通管。自清洗過濾器兩側應留有足夠的維護空間，濾筒方向應留有接近筒體長度的空間，用于更換濾網。
自清洗過濾器的規格應與管道或流速相匹配。當單個過濾器不能滿足系統流量要求時，可以并聯兩個或多個過濾器，以滿足系統過濾要求。當采用任何安裝形式時，應注意使自動排污閥的出口方向水平或向下，以保證更有效的排污。自清洗過濾器安裝在室外時，請注意防水防雨。
