紫外線殺菌器采用滅菌熒光燈，發生波長約為254納米(2537埃)的光。帶有細菌/藻類的水經過燈泡(或者假如使用石英套管，則在燈泡周圍)，并遭到該波長的輻射。當光線穿透細菌/藻類時，它會使脫氧核糖核酸(遺傳物質)發生變異，阻止生物體的成長。
哪些因素影響紫外線滅菌器的作用？
1、生物體的巨細和類型:理論上，紫外線輻射能夠殺死病毒、細菌、藻類和原生動物。一般來說，較大的生物體，如原生動物，比較小的生物體，如細菌，需求更高劑量的紫外線輻射。但是同一類型的不同生物之間也有差異:一些細菌比其他細菌更能反抗紫外線輻射。
2、燈泡功率:燈泡發生的紫外光量反映在燈泡的瓦數上。瓦數越高的燈泡發生的紫外線越多。滅菌熒光燈發生紫外線的才能隨著年齡的增長而下降，在大多數情況下，燈泡需求每6個月替換一次。紫外線建議在104-110華氏度的溫度下發生；較低的溫度會導致產值削減。
3、紫外線滲透:假如紫外線不能穿透水，它就不會有用。較高的水濁度會下降滲透率。紫外線殺菌器應放置在生物和機械過濾器之后，這樣水進入消毒器時就盡可能潔凈。鹽度也影響滲透；紫外光比鹽水更能穿透淡水。然后燈或套管的清潔度很重要。假如薄膜或礦藏沉積物覆蓋燈或套管，燈將被部分或悉數阻擋。燈與水的間隔也會影響作用。紫外光只能穿透5毫米深的通明鹽水。
4、聯系時刻:水暴露在紫外線下的時刻越長，殺滅才能就越強。觸摸時刻，有時稱為“停留時刻”，受水流速的影響:流速越慢，觸摸時刻越長。燈泡的長度也會影響觸摸時刻；燈泡越長，水與紫外線觸摸的時刻就越長。另一個需求考慮的變量是周轉時刻(水族箱中的悉數水經過消毒器所需的時刻)。由于“消毒的”水在它回來時不斷地與水族箱中的水混合，不可能“消毒”水族箱中的所有水。只有當所有的水都被移走，消毒，然后一次性回來水族館，這才有可能。
