當配電網中或者智能電容器中發生故障時，都可能對設備造成損壞或使其異常運行，因此我們需要對系統中出現的故障實時檢測，并及時對其進行處理。低壓無功補償系統中出現的故障，一般包括過壓、欠壓、過流、欠流、過溫、缺相、通訊中斷等，主控制器對不同的故障作出相應的保護措施。
智能電容器過壓保護，首先通過智能電容器按鍵設置電壓上限，設定的電壓上限值不能高于電網額定電壓的20%。系統每周期對電壓值采樣計算一次，若電壓值大于系統中設定的電壓上限，即連續5次掃描都大于設定值，就認為系統電壓過壓，此時智能電容器主控制器采取的措施為:不向電網中投入并聯電容器，并且投入的并聯電容器有序的從電網中全部切出，生成報警信號，在液晶顯示屏上以及故障報警燈上做出相應的顯示。
智能電容器欠壓保護，與過壓保護類似，通過按鍵設置電壓下限。系統每周期對電壓值采樣計算一次，若電壓值低于系統中設定的電壓下限，連續5次掃描都小于設定值，就認為系統電壓欠壓，智能電容器采取的保護措施為:不向電網中投入并聯電容器，并且投入的并聯電容器有序的從電網中全部切出，生成報警信號，在液晶顯示屏上以及故障報警燈上做出相應的顯示。
智能電容器過流和欠流保護，過流、欠流保護的檢測原理與電壓保護相同，過流保護使系統在過流狀態下，迅速切出投入的并聯電容器，以免復合開關以及智能電容器被燒壞;系統在欠流狀態下不能投切并聯電容器，并需要將投入的并聯電容器從電網中切出。
智能電容器過溫保護，智能電容器采用溫度傳感器采集溫度信號，設定溫度上限為60°C。智能電容器的工作環境通常比較復雜，如果環境溫度過高，就會導致電容器內部的溫度過高，如果超過了產品設計所能承受的溫度，會給電容器帶來非常嚴重的損傷，縮短電容器的壽命，嚴重情況下還有出現爆炸的危險，因此在智能電容器中合理的溫度檢測與保護功能非常重要。在程序設計中，檢測到溫度信號的值高于設定值時，連續10次越過設定值，則認為出現過溫，主控制器不再向電網中投入電容器，將投入的電容器有序的從電網中全部切出，并生成報警信號。
