清潔實驗室分液漏斗振蕩器并不像洗碗一樣簡單，需要很多注意事項和一些操作步驟，那么如何清潔實驗室的分液漏斗振蕩器，以及應該避免那些化學溶液？
如果實驗結束就立即清潔分液漏斗振蕩器，會更容易，當使用洗滌劑時，可以選擇重垢液體去污劑或精密粉狀清洗劑，這些洗滌劑優于在家中可能使用的清潔劑，很多時候，洗滌劑和自來水不是的選擇，可能需要使用適當的溶劑沖洗分液漏斗，然后再用蒸餾水沖洗幾次，最后用去離子水沖洗。
如果分液漏斗裝有水溶性溶液，需要用去離子水沖洗3-4次，然后將分液漏斗取出，如果是非水溶性溶液，則用乙醇或丙酮沖洗2-3次，再用去離子水沖洗3-4次，然后將分液漏斗取出，有事，還需要使用其他溶劑進行初始沖洗。
如果裝有強酸，需要再在通風條件下，用大量自來水小心沖洗分液漏斗，再用去離子水沖洗3-4次，然后將分液漏斗取出，而面對強堿也需要同樣的步驟，如果是弱酸，則用去離子水沖洗3-4次，然后將分液漏斗取出，如果是弱堿，可以用自來水沖洗以除去堿，然后用去離子水沖洗3-4次，然后將分液漏斗取出。
用于有機化學的分液漏斗振蕩器需要用適當的溶劑沖洗分液漏斗，再使用去離子水作為水溶性成分，也可以使用乙醇溶解乙醇，然后使用去離子水沖洗，此外，根據需要可以選擇其他溶劑沖洗，最后用去離子水沖洗，如果分液漏斗需要擦洗，請用熱肥皂水刷洗，在用自來水沖洗，然后用去離子水沖洗。
不建議用紙巾或強制讓分液漏斗垂直振蕩器干燥，這會引入可能污染溶液的纖維，可以讓分液漏斗在架子上自然晾干，如果溶劑是，可以用乙醇或丙酮沖洗分液漏斗以除去水，然后用溶液沖洗以除去酒精或丙酮，在不使用時，需要取下塞子和旋塞，可以用浸有或丙酮的無絨毛巾擦拭磨砂玻璃接頭，同時戴上手套。當需要使用干凈的分液漏斗時，去離子水沖洗后能形成光滑的表面，如果發現不夠光滑，可能需要重新開始清潔。
