要分析和判斷色譜儀的故障所在，就必須要熟悉氣相色譜的流程和氣、電路這兩大系統，特別是構成這兩個系統部件的結構、功能。色譜儀的故障是多種多樣的，而且某一故障產生的原因也是多方面的，必須采用部分檢查的方法，即排除法，才可能縮小故障的范圍。對于氣路系統出的故障，不外乎是各種氣體(特別是載氣)有漏氣的現象、氣體不好、氣體穩壓穩流不好等等，氣路產生的“鬼峰”和峰的丟失較為普遍。
另外，色譜柱的“老化”過程沒有充分或柱溫過高，產生的“液相遺失”等“鬼峰”也會頻頻出現。所以，首先應該解決氣路問題，若氣路無問題，則看電路問題，色譜氣路上的故障，分析工作者可以找出并排除，但要排除電路上的故障則并非易事，就需要分析工作者有一定的電子線路方面的知識，并且要弄清楚主機接線圖和各系統的電原理圖(尤其是接線圖)。在這些圖上清楚的畫出了控制單元和被控對象間的關系，具體的標明了各接插件引線的編號和去向，按圖去檢查電路、找尋故障是非常方便的。
氣相色譜故障分析基礎
1、 了解氣相色譜的相關組成部分；
2、 通曉氣相色譜各部分的作用；
3、 清楚氣相色譜各部分是如何工作的；
4、 能夠清楚判別各部分工作的正常與否；
5、 要嚴格按照有關規程檢修，了解檢修過程中應該注意的事項。
故障分析的思路
1、 檢修時應該注意的問題：要有安全用電常識，注重自我保護意識，防止觸電事故的發生；
2、 根據發生的故障現象，確定與故障相關聯的部分和因素；
3、 注意檢修方法，不要輕易拆卸和更換元件，以免擴大和轉移故障范圍；
4、故障分析的思路和方法：
⑴、順序推理法：根據工作原理進行推理、檢查、尋找故障原因；
⑵、分段排除法：逐個排除，縮小范圍，從而找出故障原因；
⑶、經驗推理法：根據維修經驗積累，以確定故障的原因；
⑷、比較檢查法：參照正常的機器的有關數據，來確定故障點；
⑸、綜合法：綜合使用以上各種方法，直至找到故障源。
故障的判別
1、 基礎：檢查尋找故障原因的基礎是充分掌握氣相色譜故障判別的方法。掌握故障判別方法的基礎是熟悉和了解儀器各部分的組成、作用及工作原理；
2、 輸入與輸出：通常每個儀器的每個部分、部件、甚至是零件都有它的輸入與輸出，輸入一般是指該部分正常工作的前提，輸出一般是指該部分所起的作用與功能。
例如：FID放大器它的輸入是FID檢測器通過離子信號線傳送過來的微電流信號，放大器的工作電壓，以及放大器的調零電位器；它的輸出是經過放大并送到二次儀表的電信號。
判別放大器是否正常工作的方法是：
A：如果是輸入正常而輸出不正常，故障肯定在放大器本身；
B：如果輸入輸出均正常，則放大器正常；
C：如果輸入不正常，則放大器是否正常無法判定。
3、收集與積累：積極收集氣相色譜維修資料、認真做好維修記錄、不斷積累各類故障判別的方法與經驗，并了解、熟悉、掌握、牢記這些方法與經驗
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