Cy5熒光染料:能發出熒光的染料。 Cy2、Cy3、Cy5 和Cy7。上述所有青色素均可以通過其反應基團與核酸或蛋白相連。例如，采用了蛋白標記的馬來酰亞胺基團。有趣的是，對于熒光，Cy5 對其周邊電子環境非常敏感，該特征可用于酶測定。附著蛋白質的構象改變會導致熒光發射產生陽性或陰性變化。此外，Cy3 和 Cy5 還可用于 FRET 試驗。青色素染料是一種相對較老的熒光染料，但卻是其他熒光染料在亮度、耐光性、量子產率等方面得以改善的基礎。在吸收紫外線或可見光后，能把短波長的光轉變為波長較長的可見光波而反射出來，呈閃亮的鮮艷色彩。例如，酸性曙紅、熒光黃、紅汞以及某些分散染料等。它們大多是含有苯環或雜環并帶有共軛雙鍵的化合物。Cy5熒光染料可以單獨使用，也可以組合成復合熒光染料使用。其中復合熒光染料是利用熒光共振能量轉移技術合成的熒光染料，由距離非常近、能量可以在彼此間傳遞的一個供體及一個受體熒光物分子所組成。復合染料在受體分子的激發波長被激發，在供體分子的發射波長發射一個光子。熒光染料發展非常迅速，已開發的用于科研和臨床應用的熒光染料已基本覆蓋了由紫外到可見光及紅外的整個光譜范圍。
cy5熒光染料有異構化的特點。有以下四大特點：
1）其標記的抗體適用于所有配備633nm氬離子激光器的流式細胞儀；
2）FL4通道檢測；
3）小分子染料，非常適合需小分子染料的流式細胞術，熒光強度低于APC。
4）與單核和粒細胞非特異性結合多，易出現假陽性結果。
Invitrogen Cy5 dye is a bright, far-red-fluorescent dye with excitation ideally suited for the 633 nm or 647 nm laser lines. A significant advantage to using long wavelength dyes such as Cy5 dye or Invitrogen Alexa Fluor 647 dye over other fluorophores is the low autofluorescence of biological specimens in this region of the spectrum.
The Cy5 fluorophore is also the basis for the lipophilic neuronal and long-term DiD cell tracing reagents, which append alkyl tails (≥12 carbons) onto the core fluorophore.
For stable signal generation, Alexa Fluor 647 dye is generally brighter than Cy5 dye in protein and nucleic acid conjugates. Allophycocyanin (APC) is another bright fluorophore that is spectrally equivalent to Cy5 dye and Alexa Fluor 647 dye, but it is used almost exclusively in flow cytometry.
