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木瓜蛋白酶（Papain），又稱木瓜酶，是一種蛋白水解酶。木瓜蛋白酶是番木瓜（Carieapapaya）中含有的一種低特異性蛋白水解酶，廣泛地存在于番木瓜的根、莖、葉和果實內，其中在未成熟的乳汁中含量。木瓜蛋白酶的活性中心含，屬于巰基蛋白酶，它具有酶活高、熱穩定性好、天然衛生安全等特點，因此在食品、醫藥、飼料、日化、皮革及紡織等行業得到廣泛應用。

木瓜蛋白酶特性：

化學性質

木瓜蛋白酶是一種在酸性、中性、堿性環境下均能分解蛋白質的蛋白酶。它的外觀為白色至淺黃色的粉末，微有吸濕性；木瓜蛋白酶溶于水和甘油，水溶液為無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿等有機溶劑。木瓜蛋白酶是一種含巰基(-SH)肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，但幾乎不能分解蛋白胨。 

木瓜蛋白酶的合PH值6～7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點（pI）為8.75；木瓜蛋白酶的合溫度55～65℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強，在90℃時也不失活；受氧化劑抑制，還原性物質激活

木瓜蛋白酶用于用途：

木瓜蛋白酶在醫藥、食品、飲料、化學試劑、飼料、紡織化妝品等方面都有廣泛的應用，開發前景廣闊。

食品工業

在食品行業中，木瓜蛋白酶可用于肉類嫩化、啤酒澄清、餅干松化等用途。 [4] 

啤酒澄清劑

引起啤酒冷藏混濁時主要原因是啤酒中的蛋白質極易與多元酚結合成大分子的復合物。利用啤酒澄清劑中的木瓜蛋白酶對形成混濁的蛋白質有廣泛的特異性，能把大分子的蛋白質降解成小分子的物質，提高了蛋白質與多元酚復合物的溶解度；另一方面，木瓜蛋白酶是一種具有生物活性的蛋白質，該蛋白質可與引起啤酒冷藏混濁的多元酚形成穩定狀態平衡，防止了啤酒的冷藏混濁。

肉類嫩化劑

利用木瓜蛋白酶能裂解肉類中的膠原蛋白和肌肉纖維，而使肉的結構松散。由于木瓜蛋白酶是半胱氨酰基蛋白酶，能降解膠原纖維和結締組織蛋白質，它將肌動球蛋白和膠原蛋白降解成為小分子的多肽甚至氨基酸, 令肌肉肌絲和筋腰絲斷裂, 使肉類變得嫩滑，并簡化蛋白質結構使人體食用后易于消化吸收。

餅干松化劑

利用木瓜蛋白酶的酶促反應, 將面團的蛋白質降解為小分子的肽或氨基酶, 降低了面團的拉伸阻力, 使面團變得柔軟、更有可塑性, 減少彈性, 易于成型。用量視餅干廠的加工方法和面團中蛋白質的含量不同而不同，研究表明每公斤面添加0.6-1.0萬單位/ 克為佳。