Materials Studio誕生背景
美國(guó)Accelrys公司的前身為四家的科學(xué)軟件公司――美國(guó)Molecular Simulations Inc.(MSI)公司、Genetics Computer Group(GCG)公司、英國(guó)Synopsys Scient ific系統(tǒng)公司以及Oxford Molecular Group(OMG)公司,由這四家軟件公司于2001年6月1日合并組建的Accelrys公司,是范圍內(nèi)能夠提供分子模擬、材料設(shè)計(jì)以及化學(xué)信息學(xué)和生物信息學(xué)全面解決方案和相關(guān)服務(wù)的軟件供應(yīng)商。
Accelrys材料科學(xué)軟件產(chǎn)品提供了全面完善的模擬環(huán)境,可以幫助研究者構(gòu)建、顯示和分析分子、固體及表面的結(jié)構(gòu)模型,并研究、預(yù)測(cè)材料的相關(guān)性質(zhì)。Accelrys的軟件是高度模塊化的集成產(chǎn)品,用戶可以自由定制、購(gòu)買自己的軟件系統(tǒng),以滿足研究工作的不同需要。Accelrys軟件用于材料科學(xué)研究的主要產(chǎn)品包括運(yùn)行于UNIX工作站系統(tǒng)上的Cerius2軟件,以及全新開發(fā)的基于PC平臺(tái)的Materials Studio軟件。Accelrys材料科學(xué)軟件被廣泛應(yīng)用于石化、化工、制藥、食品、石油、電子、汽車和航空航天等工業(yè)及教育研究部門,在上述領(lǐng)域中具有較大影響的世界各主要跨國(guó)公司及研究機(jī)構(gòu)幾乎都是Accelrys產(chǎn)品的用戶。
Materials Studio軟件說明
Materials Studio是專門為材料科學(xué)領(lǐng)域研究者開發(fā)的一款可運(yùn)行在PC上的模擬軟件。它可以幫助你解決當(dāng)今化學(xué)、材料工業(yè)中的一系列重要問題。支持Windows 98、2000、NT、Unix以及Linux等多種操作平臺(tái)的Materials Studio使化學(xué)及材料科學(xué)的研究者們能更方便地建立三維結(jié)構(gòu)模型,并對(duì)各種晶體、無定型以及高分子材料的性質(zhì)及相關(guān)過程進(jìn)行深入的研究。
多種*算法的綜合應(yīng)用使Materials Studio成為一個(gè)強(qiáng)有力的模擬工具。無論構(gòu)型優(yōu)化、性質(zhì)預(yù)測(cè)和X射線衍射分析,以及復(fù)雜的動(dòng)力學(xué)模擬和量子力學(xué)計(jì)算,我們都可以通過一些簡(jiǎn)單易學(xué)的操作來得到切實(shí)可靠的數(shù)據(jù)。
Materials Studio軟件采用靈活的Client-Server結(jié)構(gòu)。其核心模塊Visualizer運(yùn)行于客戶端PC,支持的操作系統(tǒng)包括Windows 98、2000、NT;計(jì)算模塊(如Discover,Amorphous,Equilibria,DMol3,CASTEP等)運(yùn)行于服務(wù)器端,支持的系統(tǒng)包括Windows2000、NT、SGIIRIX以及Red Hat Linux。浮動(dòng)許可(Floating License)機(jī)制允許用戶將計(jì)算作業(yè)提交到網(wǎng)絡(luò)上的任何一臺(tái)服務(wù)器上,并將結(jié)果返回到客戶端進(jìn)行分析,從而限度地利用了網(wǎng)絡(luò)資源。
任何一個(gè)研究者,無論是否是計(jì)算機(jī)方面的專家,都能充分享用Materials Studio軟件所帶來的*技術(shù)。Materials Studio生成的結(jié)構(gòu)、圖表及視頻片斷等數(shù)據(jù)可以及時(shí)地與其它PC軟件共享,方便與其他同事交流,并能使你的講演和報(bào)告更加引人入勝。
Materials Studio軟件能使任何研究者達(dá)到與研究部門相一致的材料模擬的能力。模擬的內(nèi)容包括了催化劑、聚合物、固體及表面、晶體與衍射、化學(xué)反應(yīng)等材料和化學(xué)研究領(lǐng)域的主要課題。
Materials Studio模塊
Materials Studio采用了大家非常熟悉的Microsoft標(biāo)準(zhǔn)用戶界面,允許用戶通過各種控制面板直接對(duì)計(jì)算參數(shù)和計(jì)算結(jié)果進(jìn)行設(shè)置和分析。Materials Studio軟件包括如下功能模塊:
Materials Visualizer:
提供了搭建分子、晶體及高分子材料結(jié)構(gòu)模型所需要的所有工具,可以操作、觀察及分析結(jié)構(gòu)模型,處理圖表、表格或文本等形式的數(shù)據(jù),并提供軟件的基本環(huán)境和分析工具以及支持Materials Studio的其他產(chǎn)品。是Materials Studio產(chǎn)品系列的核心模塊。
Discover:
Materials Studio的分子力學(xué)計(jì)算引擎。使用多種分子力學(xué)和動(dòng)力學(xué)方法,以仔細(xì)推導(dǎo)的力場(chǎng)作為基礎(chǔ),可準(zhǔn)確地計(jì)算出能量構(gòu)型、分子體系的結(jié)構(gòu)和動(dòng)力學(xué)軌跡等。
COMPASS:
支持對(duì)凝聚態(tài)材料進(jìn)行原子水平模擬的功能強(qiáng)大的力場(chǎng)。是個(gè)由凝聚態(tài)性質(zhì)以及孤立分子的各種從頭算和經(jīng)驗(yàn)數(shù)據(jù)等參數(shù)化并經(jīng)驗(yàn)證的從頭算力場(chǎng)。可以在很大的溫度、壓力范圍內(nèi)精確地預(yù)測(cè)孤立體系或凝聚態(tài)體系中各種分子的結(jié)構(gòu)、構(gòu)象、振動(dòng)以及熱物理性質(zhì)。
Amorphous Cell:
允許對(duì)復(fù)雜的無定型系統(tǒng)建立有代表性的模型,并對(duì)主要性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)。通過觀察系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和性質(zhì)之間的關(guān)系,可以對(duì)分子的一些重要性質(zhì)有更深入的了解,從而設(shè)計(jì)出更好的新化合物和新配方。可以研究的性質(zhì)有:內(nèi)聚能密度(CED)、狀態(tài)方程行為、鏈堆砌以及局部鏈運(yùn)動(dòng)等。
Reflex:
模擬晶體材料的X光、中子以及電子等多種粉末衍射圖譜。可以幫助確定晶體的結(jié)構(gòu),解析衍射數(shù)據(jù)并用于驗(yàn)證計(jì)算和實(shí)驗(yàn)結(jié)果。模擬的圖譜可以直接與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)比較,并能根據(jù)結(jié)構(gòu)的改變進(jìn)行即時(shí)的更新。包括粉末衍射指標(biāo)化及結(jié)構(gòu)精修等工具。
Reflex Plus:
是對(duì)Reflex的完善和補(bǔ)充,在Reflex標(biāo)準(zhǔn)功能基礎(chǔ)上加入了已被廣泛驗(yàn)證的Powder Solve技術(shù)。Reflex Plus提供了一套可以從高質(zhì)量的粉末衍射數(shù)據(jù)確定晶體結(jié)構(gòu)的完整工具。
Equilibria:
可計(jì)算烴類化合物單組分體系或多組分混合物的相圖,溶解度作為溫度、壓力和濃度的函數(shù)也可同時(shí)得到,還可計(jì)算單組分體系的virial系數(shù)。適用領(lǐng)域包括石油及天然氣加工過程(如凝析氣在高壓下的性質(zhì))、石油煉制(重?zé)N相在高壓下的性質(zhì))、氣體處理、聚烯烴反應(yīng)器(產(chǎn)物控制)、橡膠(作為溫度和濃度的函數(shù)的不同溶劑的溶解度)。
DMol3:
的密度泛函(DFT)量子力學(xué)程序,是的可以模擬氣相、溶液、表面及固體等過程及性質(zhì)的商業(yè)化量子力學(xué)程序,應(yīng)用于化學(xué)、材料、化工、固體物理等許多領(lǐng)域。可用于研究均相催化、多相催化、分子反應(yīng)、分子結(jié)構(gòu)等,也可預(yù)測(cè)溶解度、蒸氣壓、配分函數(shù)、熔解熱、混合熱等性質(zhì)。
CASTEP:
*的量子力學(xué)程序,廣泛應(yīng)用于陶瓷、半導(dǎo)體、金屬等多種材料,可研究:晶體材料的性質(zhì)(半導(dǎo)體、陶瓷、金屬、分子篩等)、表面和表面重構(gòu)的性質(zhì)、表面化學(xué)、電子結(jié)構(gòu)(能帶及態(tài)密度)、晶體的光學(xué)性質(zhì)、點(diǎn)缺陷性質(zhì)(如空位、間隙或取代摻雜)、擴(kuò)展缺陷(晶粒間界、位錯(cuò))、體系的三維電荷密度及波函數(shù)等。
比Cerius2更具有優(yōu)點(diǎn)
Materials Studio軟件比Cerius2具有以下優(yōu)點(diǎn):
(1) Materials Studio是專門為材料科學(xué)領(lǐng)域研究者開發(fā)的一款可運(yùn)行在PC上的模擬軟件。支持Windows 98、2000、NT、Unix以及Linux等多種操作平臺(tái)。
(2) Materials Studio軟件采用靈活的Client-Server結(jié)構(gòu)。其核心模塊Visualizer運(yùn)行于客戶端PC,支持的操作系統(tǒng)包括Windows 98、2000、NT;計(jì)算模塊(如DiscoverAmorphous,Equilibria,DMol3,CASTEP等)運(yùn)行于服務(wù)器端,支持的系統(tǒng)包括Window。
s 2000、NT、SGIIRIX以及Red Hat Linux。
(3) 投入成本低,易于推廣。浮動(dòng)許可(Floating License)機(jī)制允許用戶將計(jì)算作業(yè)提交到網(wǎng)絡(luò)上的任何一臺(tái)服務(wù)器上,并將結(jié)果返回到客戶端進(jìn)行分析,從而限度地利用了網(wǎng)絡(luò)資源,減少了硬件投資。
模塊詳細(xì)介紹
基本環(huán)境
MS.Materials Visualizer
分子力學(xué)與分子動(dòng)力學(xué)
MS.DISCOVER
MS.COMPASS
MS.Amorphous Cell
MS.Forcite
MS.Forcite Plus
MS.GULP
MS.Equilibria
MS.Sorption
晶體、結(jié)晶與X射線衍射
MS.Polymorph Predictor
MS.Morphology
MS.X-Cell
MS.Reflex
MS.Reflex Plus
MS.Reflex QPA
量子力學(xué)
MS.Dmol3
MS.CASTEP
MS.NMR CASTEP
MS.VAMP
高分子與介觀模擬
MS.Synthia
MS.Blends
MS.DPD
MS.MesoDyn
MS.MesoPro
定量結(jié)構(gòu)-性質(zhì)關(guān)系
MS.QSAR
MS.QSAR Plus
MS.Dmol3 Descriptor
基本環(huán)境
·MS Visualizer
提供了搭建分子、晶體、界面、表面及高分子材料結(jié)構(gòu)模型所需的所有工具,可以操作、觀察及分析計(jì)算前后的結(jié)構(gòu)模型,處理圖型、表格或文本等形式的數(shù)據(jù),并提供軟件的基本環(huán)境和分析工具以支持Materials Studio的其它產(chǎn)品。是Materials Studio產(chǎn)品系列的核心模塊。同時(shí)Materials Visualizer還支持多種輸入、輸出格式,并可將動(dòng)態(tài)的軌跡文件輸出成avi文件加入到Office系列產(chǎn)品中。MS4.0版本增加了納米結(jié)構(gòu)模建、分子疊合以及分子庫枚舉等功能。
分子力學(xué)與分子動(dòng)力學(xué)
·MS.DISCOVER Discover是Materials Studio的分子力學(xué)計(jì)算引擎。它使用了多種成熟的分子力學(xué)和分子動(dòng)力學(xué)方法,這些方法被證明適應(yīng)分子設(shè)計(jì)的需要。以多個(gè)經(jīng)過仔細(xì)推導(dǎo)的力場(chǎng)為基礎(chǔ),Discover可以準(zhǔn)確地計(jì)算出能量構(gòu)象,并可給出不同系綜下體系結(jié)構(gòu)的動(dòng)力學(xué)軌跡。Discover還為Amorphous Cell等產(chǎn)品提供了基礎(chǔ)計(jì)算方法。周期性邊界條件的引入使得它可以對(duì)固態(tài)體系進(jìn)行研究,如晶體、非晶和溶劑化體系。另外,Discover還提供強(qiáng)大的分析工具,可以對(duì)模擬結(jié)果進(jìn)行分析,從而得到各類結(jié)構(gòu)參數(shù)、熱力學(xué)性質(zhì)、力學(xué)性質(zhì)、動(dòng)力學(xué)量以及振動(dòng)強(qiáng)度。
·MS.COMPASS
COMPASS是“Condensed-phase Optimized Molecular Potential for Atomisitic Simulation Study”的縮寫。它是一個(gè)支持對(duì)凝聚態(tài)材料進(jìn)行原子水平模擬的功能強(qiáng)大的力場(chǎng)。它是個(gè)由凝聚態(tài)性質(zhì)以及孤立分子的各種從頭算和經(jīng)驗(yàn)數(shù)據(jù)等參數(shù)化并驗(yàn)證的從頭算力場(chǎng)。使用這個(gè)力場(chǎng)可以在很大的溫度、壓力范圍內(nèi)精確地預(yù)測(cè)出孤立體系或凝聚態(tài)體系中各種分子的構(gòu)象、振動(dòng)及熱物理性質(zhì)。在COMPASS力場(chǎng)地版本中,Accelrys加入了45個(gè)以上的無機(jī)氧化物材料以及混合體系(包括有機(jī)和無機(jī)材料的界面)的一些參數(shù),使它的應(yīng)用領(lǐng)域最終包含了大多數(shù)材料科學(xué)研究者趕興趣的有機(jī)和無機(jī)材料。你可以用它來研究諸如表面、共混等非常復(fù)雜的體系。COMPASS力場(chǎng)是通過Discover模塊來調(diào)用的。
·MS.Amorphous Cell
Amorphous Cell允許你對(duì)復(fù)雜的無定型體系建立有代表性的模型,并對(duì)主要性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)。通過觀察體系結(jié)構(gòu)和性質(zhì)的關(guān)系,可以對(duì)分子的一些重要性質(zhì)有更深入的了解,從而設(shè)計(jì)出更好的新化合物和新配方。可以研究的性質(zhì)有:內(nèi)聚能密度(CED)、狀態(tài)方程行為、鏈堆砌以及局部鏈運(yùn)動(dòng)、末端距和回旋半徑、X光或中子散射曲線、擴(kuò)散系數(shù)、紅外光譜和偶極相關(guān)函數(shù)等。Amorphous Cell的特征還包括提供:任意共混體系的建模方法(包括小分子與聚合物的任意混合)、特殊的產(chǎn)生有序的向列型中間相以及層狀無定型材料的能力(用于建立界面模型或適應(yīng)粘合劑及潤(rùn)滑劑研究需要)、限制性剪切模擬、研究電極化和絕緣體行為的Poling法、多溫循環(huán)模擬以及雜化的蒙特卡羅模擬。Amorphous Cell的使用需要Discover分子力學(xué)引擎的支持。
·MS.Forcite
*的經(jīng)典分子力學(xué)工具,可以對(duì)分子或周期性體系進(jìn)行快速的能量計(jì)算及可靠的幾何優(yōu)化。包含Universal、Dreiding 等被廣泛使用的力場(chǎng)及多種電荷分配算法。支持二維體系的能量計(jì)算。MS4.0版本中可以進(jìn)行剛體優(yōu)化,同時(shí)還加入了分析 Discover 所產(chǎn)生的.arc和.his 軌跡文件的功能。
·MS.Forcite Plus
*的經(jīng)典力學(xué)模擬工具,能夠進(jìn)行能量計(jì)算、幾何優(yōu)化、動(dòng)力學(xué)模擬。可對(duì)從簡(jiǎn)單分子到二維表面到三維周期等范圍很廣的結(jié)構(gòu)進(jìn)行上述操作。一整套的分析工具可用來對(duì)諸如偶極相關(guān)等復(fù)雜性質(zhì)進(jìn)行分析。MS4.0版本中可以進(jìn)行剛體優(yōu)化,同時(shí)還加入了分析 Discover 所產(chǎn)生的.arc和.his軌跡文件的功能。
·MS.GULP
GULP是一個(gè)基于分子力場(chǎng)的晶格模擬程序,可以進(jìn)行幾何結(jié)構(gòu)和過渡態(tài)的優(yōu)化,離子極化率的預(yù)測(cè),以及分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算。GULP既可以處理分子晶體,也可以計(jì)算離子性的材料。GULP可以計(jì)算的性質(zhì)包括:氧化物的性質(zhì),點(diǎn)缺陷、摻雜和空隙,表面性質(zhì),離子遷移,分子篩和其他多孔材料的反應(yīng)性和結(jié)構(gòu),陶瓷的性質(zhì),無序結(jié)構(gòu)等,可應(yīng)用于多相催化、燃料電池、核廢物處理、蒸氣電解、氣體傳感器、汽車尾氣催化以及石油化工等諸多工業(yè)領(lǐng)域。
·MS.Equilibria
使用的NERD力場(chǎng)來計(jì)算烴類化合物單組分體系或多組分混合物的氣液、液液相圖,溶解度作為溫度、壓力和濃度的函數(shù)也可同時(shí)得到,還可計(jì)算單組分體系的二階virial系數(shù),臨界常數(shù)和共存曲線可以通過Ising Scaling分析得到。適用領(lǐng)域包括石油及天然氣加工過程(如凝析氣在高壓下的性質(zhì))、石油煉制(重?zé)N相在高壓下的性質(zhì))、氣體處理、聚烯烴反應(yīng)器(產(chǎn)物控制)、橡膠(作為溫度和濃度的函數(shù)的不同溶劑的溶解度)。的版本中可計(jì)算的體系增加了:主要的醇類、硫化物、硫醇、氫化硫和氮?dú)狻?/div>
·MS. Sorption
使用 Grand Canonical Monte Carlo (GCMC) 方法預(yù)測(cè)分子在微孔材料 (如分子篩) 中的吸附性質(zhì),可用于吸附等溫線、結(jié)合位、結(jié)合能、擴(kuò)散途徑及分子選擇性的研究。
晶體、結(jié)晶與X射線衍射
·MS.Polymorph Predictor
Polymorph是一個(gè)算法集,目的是測(cè)定晶體的低能多晶型。此方法可以與實(shí)驗(yàn)衍射數(shù)據(jù)相關(guān)聯(lián)或者僅僅使用材料的化學(xué)結(jié)構(gòu)來實(shí)現(xiàn)此目的。 晶體的多晶型可能會(huì)導(dǎo)致不同的性質(zhì),因此判斷哪種晶型更加穩(wěn)定或者接近穩(wěn)定態(tài)勢(shì)非常重要的。在處理過程中微小的改變都會(huì)導(dǎo)致穩(wěn)定性的大幅度變化。 Polymorph中的相似性挑選和聚類算法允許用戶將相似模型歸類,從而節(jié)省計(jì)算時(shí)間。
·MS.Morphology
從晶體的原子結(jié)構(gòu)來模擬晶體形貌。可以預(yù)測(cè)晶體外形,研發(fā)特殊效果的摻雜成分,控制溶劑和雜質(zhì)的效應(yīng)。
·MS.X-Cell
已申請(qǐng)的X-Cell是一種全新、高效、綜合、易用的指標(biāo)化算法,它使用消光決定(extinction-specific)的二分法方法對(duì)參數(shù)空間進(jìn)行詳盡無遺的搜索,最終給出可能的晶胞參數(shù)的完整清單。在許多情況下顯示出比DICVOL、TREOR 和 ITO更高的成功率。X-Cell可以很好的處理粉末衍射指標(biāo)化中的許多難點(diǎn),如樣品含有雜質(zhì)相、峰位重疊、零點(diǎn)偏移、形狀的晶胞等。
·MS.Reflex
模擬晶體材料的X光、中子以及電子等多種粉末衍射圖譜。可以幫助確定晶體的結(jié)構(gòu),解析衍射數(shù)據(jù)并用于驗(yàn)證計(jì)算和實(shí)驗(yàn)結(jié)果。模擬的譜圖可以直接與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)比較,并能根據(jù)結(jié)構(gòu)的改變進(jìn)行即時(shí)的更新。粉末衍射指標(biāo)化算法包括:TREOR90, DICVOL91, ITO and X-cell。結(jié)構(gòu)精修工具包括Rietveld精修和Pawley精修。
·MS.Reflex Plus
在Reflex標(biāo)準(zhǔn)功能的基礎(chǔ)上加入已被廣泛驗(yàn)證的Powder Solve技術(shù),提供了一套可以從高質(zhì)量的粉末衍射數(shù)據(jù)確定晶體結(jié)構(gòu)的完整工具。包括粉末指標(biāo)化、Pawley精修、解結(jié)構(gòu)以及Rietveld精修。結(jié)構(gòu)的全局搜索過程可以選用Monte Carlo模擬退火和Monte Carlo并行回火兩種算法之一,求解過程中同時(shí)考慮到了優(yōu)先取向的影響。
·MS. Reflex QPA
利用粉末衍射數(shù)據(jù)及Rietveld方法進(jìn)行定量相分析的強(qiáng)大工具,可以通過多相樣品的粉末衍射圖判定不同組成成分相對(duì)比例的。用于化學(xué)品或醫(yī)藥工業(yè)中有機(jī)或無機(jī)材料組成成分的確定。
量子力學(xué)
·MS.DMol3
的密度泛函(DFT)量子力學(xué)程序,是可以模擬氣相、溶液、表面及固體等過程及性質(zhì)的商業(yè)化量子力學(xué)程序,應(yīng)用于化學(xué)、材料、化工、固體物理等許多領(lǐng)域。可用于研究均相催化、多相催化、半導(dǎo)體、分子反應(yīng)等,也可預(yù)測(cè)諸如溶解度、蒸氣壓、配分函數(shù)、溶解熱、混合熱等性質(zhì)。可計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度。基于內(nèi)坐標(biāo)的算法強(qiáng)健高效,支持并行計(jì)算。MS4.0版本中加入了更方便的自旋極化設(shè)置,可用于計(jì)算磁性體系。4.0版本起還可以進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算。
·MS.CASTEP
*的量子力學(xué)程序,廣泛應(yīng)用于陶瓷、半導(dǎo)體以及金屬等多種材料。可研究:晶體材料的性質(zhì)(半導(dǎo)體、陶瓷、金屬、分子篩等)、表面和表面重構(gòu)的性質(zhì)、表面化學(xué)、電子結(jié)構(gòu)(能帶及態(tài)密度、聲子譜)、晶體的光學(xué)性質(zhì)、點(diǎn)缺陷性質(zhì)(如空位、間隙或取代摻雜)、擴(kuò)展缺陷(晶粒間界、位錯(cuò))、成分無序等。可顯示體系的三維電荷密度及波函數(shù)、模擬STM圖像、計(jì)算電荷差分密度。MS4.0版本中加入了更方便的自旋極化設(shè)置,可用于計(jì)算磁性體系。4.0版本起還可以計(jì)算固體材料的紅外光譜。
·MS.NMR CASTEP
通過原理DFT理論預(yù)測(cè)NMR化學(xué)位移和電場(chǎng)梯度張量。方法適于計(jì)算包括有機(jī)分子、陶瓷和半導(dǎo)體在內(nèi)的眾多類型材料的分子、固體、表面的NMR位移。
·MS.VAMP
半經(jīng)驗(yàn)的分子軌道程序,適用于有機(jī)和無機(jī)的分子體系。可快速計(jì)算分子的多種物理和化學(xué)性質(zhì),其計(jì)算的速度和精度介于基于力場(chǎng)的分子力學(xué)方法和量子力學(xué)的原理方法。快速的VAMP程序可以為DFT程序提供了良好的初始結(jié)構(gòu)以便進(jìn)行精確的結(jié)構(gòu)優(yōu)化。經(jīng)DFT優(yōu)化好的結(jié)構(gòu)可以用VAMP來計(jì)算各種性質(zhì)和光譜。VAMP還可以向分子動(dòng)力學(xué)模擬提供參數(shù)。MS4.0 版本引入了ZINDO哈密爾敦函數(shù),可計(jì)算包含過渡金屬的有機(jī)金屬體系的紫外光譜。
高分子與介觀模擬
·MS.Synthia
可快速預(yù)測(cè)高分子諸多性質(zhì)的定量結(jié)構(gòu)-性質(zhì)關(guān)系軟件包。對(duì)均聚物和無規(guī)共聚物可預(yù)測(cè)從遷移性質(zhì)到力學(xué)性能的一系列性質(zhì)。
·MS.Blends
Blends可用于預(yù)測(cè)溶劑和聚合物體系的可混合性,并且能夠很好地給出這些體系在制造過程中的穩(wěn)定性。這種模擬技術(shù)能夠從二元混合物的化學(xué)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)出混合物的熱力學(xué)性質(zhì),生成相圖來確定穩(wěn)定性區(qū)域。作為一個(gè)快速的篩選工具,Blends可以在縮減試驗(yàn)次數(shù)的同時(shí)開發(fā)出穩(wěn)定的產(chǎn)品配方。
·MS.DPD
耗散粒子動(dòng)力學(xué)(Dissipative particle dynamics,DPD)是對(duì)包括全部流體動(dòng)力學(xué)相互作用流體粒子體系進(jìn)行模擬的動(dòng)力學(xué)程序。勢(shì)能的粗粒化處理方法使對(duì)較大時(shí)間和空間尺度體系的模擬成為可能。DPD采用周期邊界條件使對(duì)無窮大體系的模擬更加有效。可以使用平面墻來研究體系受限所帶來的影響,而Lees-Edwards周期邊界可以用來模擬體系的剪應(yīng)力過程。同時(shí)可以得到界面張力和臨界膠束濃度等,也可以通過可視化界面或者數(shù)值結(jié)果來進(jìn)行分析。
·MS.MesoDyn
MesoDyn是一個(gè)介等尺度動(dòng)力學(xué)方法,用于研究跨越長(zhǎng)時(shí)間過程的大體系。此方法使用源自化學(xué)組分梯度和朗文噪音的組分密度場(chǎng)方法。體系的微相分離、膠束和自組裝過程都可以使用MesoDyn程序進(jìn)行研究。在固定幾何結(jié)構(gòu)的剪應(yīng)力和受限影響都可以進(jìn)行研究。 MesoDyn的應(yīng)用包括:涂料,化妝品,混合聚合材料,表面溶劑,復(fù)雜藥物傳輸以及其它領(lǐng)域。
·MS.MesoPro
MesoProp是一個(gè)預(yù)測(cè)具有多組分納米結(jié)構(gòu)的材料的宏觀性質(zhì)的新工具,可以對(duì)聚合物、表面活性劑和連續(xù)相進(jìn)行研究,從而應(yīng)用于表面涂層、粘合劑、密封劑、人造橡膠、水泥、復(fù)合材料、凝膠和層壓板材料等的開發(fā)工作。作為一個(gè)可以將純組分和復(fù)雜混合物的性質(zhì)聯(lián)系起來的研究工具,MesoProp可應(yīng)用于與嵌段共聚物、聚合物表面活性劑、納米結(jié)構(gòu)聚合物混合物以及膜界面上的物理作用等相關(guān)的配方設(shè)計(jì)和模擬研究。
定量結(jié)構(gòu)-性質(zhì)關(guān)系
·MS.QSAR
QSAR模塊是一個(gè)全面的工具集,用于在實(shí)驗(yàn)信息(“活性”)和分子水平特征(“描述符”)之間產(chǎn)生統(tǒng)計(jì)回歸模型。可以使用Materials Studio程序來計(jì)算分子的描述符,并在性質(zhì)和描述符之間建立連接關(guān)系。這個(gè)數(shù)學(xué)模型可以用于對(duì)未知材料活性的預(yù)測(cè)。也可以包括那些處理?xiàng)l件和配方數(shù)據(jù)的描述符。模塊的附加功能允許用戶研究訓(xùn)練集的描述符和活性之間的差異性和相關(guān)性。 QSAR的描述符包含的范圍很廣。它可以使用Materials Studio其他模塊的描述符,包括Forcite、VAMP和FAST描述符。這些描述符使得材料的各種性質(zhì)得以精確模擬。除了基本的回歸算法,還可以通過靈活的遺傳算法(GA)。此方法是一個(gè)用于找出多元回歸最小化的理想方法,在處理大數(shù)據(jù)集的時(shí)候有著很高的價(jià)值。此方法使用“適者生存”的理論來進(jìn)行工作:那些對(duì)活性有影響的描述符可以進(jìn)入到下一代中,而沒有影響的則消亡。保留下來的正交描述符會(huì)產(chǎn)生更高精確度的模型。
· MS. QSAR Plus
在MS QSAR功能的基礎(chǔ)上增加量化描述符以及神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)算法。
·MS.DMol3 Descriptor
使用量子力學(xué)模塊DMol3計(jì)算得到的分子和周期體系的描述符,進(jìn)一步擴(kuò)展了QSAR的研究范圍。這些與反應(yīng)性相關(guān)的描述符包括原子的Fukui函數(shù)描述符,用來描述單個(gè)原子親電性、親核性以及對(duì)自由基反應(yīng)的敏感程度;周期體系描述符包括晶格能和態(tài)密度描述符,能夠很好地表征晶體的相關(guān)性質(zhì)。
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